MySQL のデータディレクトリを変更しておきます。せっかくパーティションを system と data に分けたのですから，ホームディレクトリ内に移すことにしました。

1. my.cnf を作成する。
   一から全部作成する必要はありません。ディレクトリ /opt/local/share/mysql5/mysql に幾つかひな形が入っていますから，それをコピーして利用します。
   各ひな形の適用対象は次のようになっているようです。
   • my-huge.cnf      : 1〜2GBのメモリ容量を持つマシン
   • my-large.cnf      : 512MB程度のメモリ容量を持つマシン
   • my-medium.cnf  : 32〜64MB程度のメモリ容量を持つマシン
   • my-small.cnf      : 64MB以下のメモリ容量を持つマシン

   今回は opt/local/share/mysql5/mysql/my-medium.cnf をひな形として利用します。これを my.cnf としてコピーします。

   sudo cp /opt/local/share/mysql5/mysql/my-medium.cnf /opt/local/etc/mysql5/my.cnf

2. コピーした my.cnf を編集します。
   

   sudo vi /opt/local/etc/mysql5/my.cnf

   [mysqld]セクションに「datadir」の項目を追加します。

   ……
   [mysqld]
   port = 3306
   socket = /opt/local/var/run/mysql5/mysqld.sock
   datadir = /Users/ホームディレクトリ名/db/mysql5
   ……
   ※下線の部分を追加

3. MySQLのデータをコピーします。
   MySQLのデータファイルは /opt/local/var/db ディレクトリにあります。このディレクトリをまるごとホームディレクトリにコピーします。
   今回は Finder を使ってコピー&ペーストしました。コピー時に「管理者の名前とパスワード」が求められますが，ファイル全部をコピーしたいので管理者として「root」を指定してコピーしました。
4. コピーしたデータのオーナーとグループを変更します。
   

   $ sudo chown -R mysql /Users/ホームディレクトリ名/db/mysql5
   $ sudo chgrp -R mysql /Users/ホームディレクトリ名/db/mysql5

これでOKです。